| 教育研究院 | 人文社会科学系 | 人文社会科学系総務課長 | 財務部長。ただし，附属図書館における図書については，学術情報部長 | 理事(財務を担当する者) | 人文社会科学系総務課長 | 財務管理課長。ただし，附属図書館における図書については，学術情報管理課長 |
| 自然科学系 | 自然科学系総務課長又は事務室長を命じられた副課長 | 自然科学系総務課長又は事務室長を命じられた副課長 |
| 医歯学系 | 医歯学系総務課長又は事務室長を命じられた副課長。ただし，基礎・臨床研究支援課が所掌する事務については基礎・臨床研究支援課長 | 医歯学系総務課長又は事務室長を命じられた副課長。ただし，基礎・臨床研究支援課が所掌する事務については基礎・臨床研究支援課長 |
| 脳研究所 |
| 災害・復興科学研究所 | 研究推進課長 | 研究推進課長 |
| 附属学校 | 人文社会科学系総務課長。ただし，100万円未満については副課長(附属学校担当) | 人文社会科学系総務課長。ただし，100万円未満については副課長(附属学校担当) |
| 医歯学総合病院 | 管理運営課長。ただし，医事課が所掌する事務については医事課長，基礎・臨床研究支援課が所掌する事務については基礎・臨床研究支援課長 | 医歯学総合病院事務部長。ただし，附属図書館における図書については，学術情報部長 | 管理運営課長。ただし，医事課が所掌する事務については医事課長，基礎・臨床研究支援課が所掌する事務については基礎・臨床研究支援課長 | 管理運営課長。ただし，附属図書館における図書については，学術情報管理課長 |
| アジア連携研究センター | 人文社会科学系総務課長 | 財務部長。ただし，附属図書館における図書については，学術情報部長 | 人文社会科学系総務課長 | 財務管理課長。ただし，附属図書館における図書については，学術情報管理課長 |
| 佐渡自然共生科学センター | 自然科学系総務課長又は事務室長を命じられた副課長 | 自然科学系総務課長又は事務室長を命じられた副課長 |
| 日本酒学センター | 研究推進課長 | 研究推進課長 |
| ビッグデータアクティベーション研究センター | 研究推進課長 | 研究推進課長 |
| 教育基盤機構 | 学生支援課長 | 学生支援課長 |
| 大学院教育支援機構 | 学生支援課長 | 学生支援課長 |
| 研究統括機構 | 研究推進課長 | 研究推進課長 |
| 社会連携推進機構 | 社会連携課長 | 社会連携課長 |
| DX推進機構 | 情報企画課長 | 情報企画課長 |
| 学術資料運営機構 | 学術情報管理課長 | 学術情報管理課長 |
| グローバル推進機構 | グローバルキャンパス推進課長 | グローバルキャンパス推進課長 |
| 経営戦略本部 | 財務管理課長 | 財務管理課長 |
| 危機管理本部 | 財務管理課長 | 財務管理課長 |
| 保健管理・環境安全本部 | 学生支援課長。ただし，環境安全推進センターに関するものについては財務管理課長 | 学生支援課長。ただし，環境安全推進センターに関するものについては財務管理課長 |
| 未来ビジョン実現本部 | 財務管理課長 | 財務管理課長 |
| 事務局 | 総務部 | 財務管理課長 | 財務管理課長 |
| 研究企画推進部 | 研究推進課長。ただし，社会連携課が所掌する事務については社会連携課長 | 研究推進課長。ただし，社会連携課が所掌する事務については社会連携課長 |
| 財務部 | 財務管理課長 | 財務管理課長 |
| 学務部 | 学生支援課長 | 学生支援課長 |
| 国際部 | グローバルキャンパス推進課長 | グローバルキャンパス推進課長 |
| 学術情報部 | 学術情報管理課長。ただし，情報企画課が所掌する事務については，情報企画課長 | 学術情報管理課長。ただし，情報企画課が所掌する事務については，情報企画課長 |
| 施設管理部 | 財務管理課長 | 財務管理課長 |
| 監査室 |